Bejelentkezés





Tudományos háttér
 
 
Genomszekvenátor
 
Laborunkban 2011 közepétől genomszekvenátor is helyet kapott. Mivel így néhány óra alatt több tízmillió nukleotid pontos helyzete válik ismertté, ezért ennek segítségével akár több tíz gént végig szekvenálhatunk. Ez lényegesen több információt biztosít számunkra, mely lehetővé teszi a genetikai markerek mélyebb vizsgálatát. Segítségével hatékonyabbá tehetjük a tumordiagnosztikát, elősegítve ezzel a személyre szabott terápiát, hiszen néhány marker helyett egész útvonalakat vizsgálhatunk; valamint familiáris genetikai eredetű betegségek gyors, költséghatékony és minden eddiginél pontosabb analízise válik lehetővé.
 
 Molekuláris diagnosztika

Laborunk  genetikai markerek, mint pl. SNP és fragmenthossz polimorfizmus molekuláris diagnózisának kifejlesztésén és alkalmazásán dolgozik. Igény szerint vállaljuk az ún. egygénes öröklődő betegségek, illetve a molekuláris célpontokra irányított gyógyszerek hatását előrejelző markerek (pl. tumormarkerek) molekuláris diagnózisát és ennek optimalizálását is DNS szekvenálás, DHPLC analízis, SNP-shot, kapilláris elektroforézisen alapuló genotipizálás, high resolution melting, és real-time PCR módszerek segítségével.
 
 
 K-RAS diagnosztika               FGFR diagnosztika
 
 
DNS szekvenálás 
 
Nagy teljesítményű (384 illetve 96 kapillárisú) automata DNS szekvenátorok segítségével naponta többezer DNS mintát tudunk  megszekvenálni akár 800-900 bázis hosszan leolvasva. A tisztított DNS minták szekvenálásán túlmenően vállaljuk teljes folyamatsorok tervezését és kivitelezését is, melynek során automatáinkkal tisztítjuk, PCR amplifikáljuk és gélelektroforézissel ellenőrizzük is az egyes mintákat.
SNP analízis, genotipizálás
Az  SNP analízist, genotipizálást négy független módszerrel is végezzük (DHPLC analízis, kapilláris elektroforézis, high resolution melting (HRM), real-time PCR), melyek kiválasztásához segítséget nyújtunk a következő szempontok alapján: költségoptimalizálás, mintaszám, egy mintában található SNP-k száma, további alkalmazás.

DHPLC analízis
 
A módszer HPLC kromatográfián alapul, melynek során a DNS mintát speciális DNS-kötő trietil-amino-acetát tartalmú oszlopra kötjük, majd növekvő acetonitril koncentrációt alkalmazva eluáljuk. Ennek során az SNP-re nézve homozigóta, illetve heterozigóta fragmentek eltérő pozícióban eluálódnak. A módszer alkalmas 1000–nt hosszú DNS szakaszon egyetlen pontmutáció kimutatására is, és lehetővé teszi nagy mintaszám automatizált vizsgálatát.
 
SNP-shot, Kapilláris elektroforézis

A módszer alkalmas hosszú DNS fragmenten található több adott SNP egyidejű detektálására is. Az SNP-shot különösen érzékeny, és akkor is biztosan alkalmazható, ha a mutáció alulreprezentált a vad típushoz képest (pl. ha az eredeti mintában a daganatos sejtek aránya alacsony volt). A módszer lényege, hogy a pontmutáció vagy az SNP előtt 1 nukleotiddal végződő primert és csak termináló fluoreszcens ddNTP-ket alkalmazunk a DNS polimeráz reakció során. A módszert fluoreszcens primerek alkalmazásával fragmenthossz polimorfizmus, mint pl. deléciók, inszerciók, tripletek mennyiségi eltéréseinek kimutatására is használjuk.

High Resolution Melting (HRM)

A HRM technika alkalmas néhány száz bázispár hosszú DNS fragmenten egyetlen pontmutáció költséghatékony kimutatására. A módszer lényege, hogy a vizsgálandó DNS fragmentet először telítjük speciális interkaláló fluoreszcens festékkel, majd követjük a fluoreszcens jel változását a hőmérséklet lassú növelésének függvényében, melynek során a heterozigóta DNS fragmentek alacsonyabb hőmérsékleten olvadnak ki, mint a homozigóta fragmentek.

Real-time PCR

Különböző qPCR technikákat alkalmazunk, amelyek a minták adott mRNS-einek mennyiségi összehasonlításán túlmenően, alkalmasak PCR termékek gyors analízisére, előszűrésére, polimorfizmusok és pontmutációk kimutatására is. PNA és LNA technika alkalmazásával az alulreprezentált mutációkat is kimutatjuk.